Cabe señalar la posibilidad de polinización cruzada, por medio de la cual el polen de los cultivos genéticamente modificados llega a cultivos produciendo resistencia a los herbicidas de plantas lo que podría ocasionar el desarrollo de maleza más agresiva o mayor resistencia a las enfermedades o a los estreses abióticos, trastornando el equilibrio del ecosistema.
El uso de cultivos modificados genéticamente con genes que producen toxinas insecticidas, como el gen del Bacillus thuringiensis podría ocasionar una resistencia al gen en poblaciones de insectos expuestas a cultivos.
Puede haber pérdida de la biodiversidad como consecuencia del desplazamiento de cultivos tradicionales por un pequeño número de cultivos modificados genéticamente.
Pueden haber riesgos de transferir toxinas de un organismo a otro, de crear nuevas toxinas o de transferir compuestos alergénicos de una especie a otra, que podría provocar reacciones alérgicas.
Existe el riesgo de que bacterias y virus modificados escapen de los laboratorios de alta seguridad e infecten a la población humana o animal
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